Проблемы дистанционного образования появляются при оценке эффективности дистанционного образования по сравнению с классическим образованием. Надо сказать, что при очной форме обучения студент находится в более выигрышном положении, поскольку может в любое учебное время получить консультацию по интересующему вопросу преподавателя. Дистанционно обучающийся студент такой возможностью не обладает. Даже если все условия для успешного сотрудничества созданы, возможность непосредственного общения с создателями курса остается редкой.
К проблеме можно отнести также и относительную гибкость методов дистанционного обучения. Если студент, обучающийся по дистанционному типу, выбирает определенный курс обучения, то он практически лишен возможности что-либо изменить в нем либо выбрать другие предметы. Дело в том, что в условиях дневного обучения подобная ситуация становится результатом политики учебного заведения, тогда как негибкость учебного расписания в дистанционных университетах можно мотивировать лишь несовершенством методики преподавания.
Помимо всего прочего, дистанционна форма обучения предполагает значительные материальные затраты, поскольку приходится приобретать учебные аудио- и видеоматериалы. В результате высокой стоимости качественных учебных пособий, дистанционные университеты работают по одним и тем же пособиям длительное время и стремятся привлечь как можно больше студентов. В конечном итоге, масштаб деятельности дистанционного учебного заведения определяет стоимость его структуры.
На нормальную деятельность дистанционной формы обучения оказывают влияние и перебои в работе коммуникационной инфраструктуры (почты, телефонной связи, транспорта и т. д.). Также это зависит от некоторых производственных отраслей (типографий, телерадиовещательных компаний и т. д.), которые косвенно влияют на деятельность дистанционных учебных заведений (например, если хотя бы одна из отраслей не действует, тогда эффективность и качество работы дистанционного вуза снижается).