Можжевельник, а особенно его шишкоягоды, применяют в лечебных целях в гомеопатии. В народной медицине их применяли внутрь при отеках, малярии, заболеваниях почек, цистите, как средство избавления от белей, при подагре, ревматизме, добавляли в состав смесей при обменном полиартрите. Наружно использовали при болях в ушах, как отвлекающее лекарство при болях ревматического и подагрического характера, для полосканий при заболевании десен, при мокром лишае, чесотке. Корни использовали при туберкулезе, бронхите, язвенной болезни желудка, кожных болезнях; отвар веток — при проявлении аллергии. Шишкоягоды употребляют в ветеринарии.
В ароматерапии применяется эфирное масло можжевельника, которое получают путем паровой отгонки из спелых сухих ягод, а также сами ягоды, древесину и листья. Основными свойствами можжевельника можно назвать следующие: тонизирующее для нервной системы, пищеварительного тракта (возбуждает механизмы секреции), антисептическое (для легких, пищеварительного тракта, крови, мочевой системы), улучшающее функцию желудка, потогонное, очистительное, мочегонное, противоревматическое (улучшает выведение мочевой кислоты и токсинов), противодиабетическое, усиливающее (вызывающее) менструации, снотворное. При наружном применении действует как антисептическое, ранозаживляющее, инсектицидное, очистительное, а при внутреннем — общая усталость, ослабление функции некоторых органов (замедление пищеварения), профилактика инфекционных заболеваний, заболевания мочевых путей (цистит, бленнорагия, болезни почек и мочевого пузыря, альбу-минурия, олигурия, камни мочевых путей), цирроз, водянка, подагра, диабет, артрит, ревматизм, атеросклероз, брожение в кишечнике, болезненные менструации, лейкореи.
Из-за своего бактерицидного действия масло можжевельника, вместе с очисткой воздуха в комнате помогает сконцентрироваться на медитационных упражнениях. Оно помогает также в дезинтоксикации крови, применяется в качестве диуретика и помогает при запорах. Данное масло выбирают при ревматизме и артритах, употребляя как внутрь, так и местно.
Можжевельник также оказывает стимулирующее действие на функцию пищеварительной системы, он действует как дезинфицирующее для мочевого пузыря и инфекции желчного пузыря. Масло можно применять наружно для лечения мышечной слабости, люмбаго, паралича, влажных экзем, акне, язв и варикозных вен. Масло можжевельника также стимулирует менструации, если добавлять его в сидячие ванны или использовать в качестве массажного масла.